Stomatolog Warszawa
Stomatologia oraz dbanie o zdrowie zebow

Oncofetal Gene SALL4 w agresywnym raku wątrobowokomórkowym AD 7

Posted in Uncategorized  by admin
April 18th, 2018

Aby zbadać, czy utrata SALL4 w komórkach raka wątrobowokomórkowego odwraca agresywny fenotyp progenitorowy, przeprowadziliśmy analizę mikromacierzy profili ekspresji genów komórek SNU-398 potraktowanych shRNA z kodowaniem kontrolnym (Scr shRNA 1) lub shRNA specyficznym dla SALL4 (shSALL4 1), a następnie przeprowadzono hierarchiczne grupowanie tych profili wraz z tymi pochodzącymi z normalnych ludzkich hepatocytów i tkanek wątroby płodu. Zgodnie z oczekiwaniami, komórki SNU-398 traktowane zaszyfrowanym shRNA skupiły się ściśle z ludzką tkanką wątrobową płodu, ponieważ oba wyrażały wysokie poziomy SALL4. SALL4-znokautowane komórki SNU-398 zgrupowane z ludzkimi hepatocytami; to sugerowało, że regulacja w dół SALL4 może sprawić, że rak wątrobowokomórkowy będzie bardziej hepatocytopodobny w odniesieniu do ekspresji genów (Figura 2D). Rysunek 3. Rycina 3. Wzbogacone podpisy genów związane ze słabym rokowaniem w raku hepatocytów o wysokim SALL4. Wzbogacenie genów związanych ze słabym przeżyciem (panel A), embrionalnymi komórkami macierzystymi (panel B), przerzutami (panel C), hepatoblastoma (panel D) i podklasą proliferacji raka wątrobowokomórkowego opisali Chiang et al.17 (Panel E ) w raku wątrobowokomórkowym o wysokim SALL4. Mapy ciepła pokazują wzbogacenie genów związanych z zestawami genów. Kolumny reprezentują pojedyncze próbki, a rzędy reprezentują każdy gen. Każda komórka w macierzy reprezentuje poziom ekspresji genu w pojedynczej próbce. Kolor czerwony oznacza wysoki poziom ekspresji, a zielony niski poziom ekspresji. NES oznacza znormalizowany wynik wzbogacania w analizie wzbogacania zestawu genów. Wynik NES większy niż wskazuje na wzbogacenie zestawu genów w raku wątrobowokomórkowym o wysokim SALL4. Metryka listy rankingowej została wygenerowana przez obliczenie stosunku sygnału do szumu 18, który jest oparty na różnicy średnich skalowanych zgodnie ze standardowym odchyleniem. Im większy stosunek sygnału do szumu, tym wyraźniejsza jest ekspresja genu w każdym fenotypie i im bardziej gen ten działa jako marker klasy . Strona internetowa The Broad Institute Gene Set Enrichment Analysis (www.broad.mit.edu/ gsea) dostarcza szczegółowych informacji o metodzie obliczeniowej.
Aby skorelować podgrupę raków wątrobowo-dodatnich SALL4 ze szlakami onkogennymi w pierwotnych próbkach raka wątrobowokomórkowego, przeprowadziliśmy analizę wzbogacenia w geny, aby zbadać wzbogacenie szlaków, które mają wartość prognostyczną w rakach o niskim poziomie SALL4 i niskim poziomie SALL4. Stwierdziliśmy, że geny regulowane w górę w raku wątrobowokomórkowym związane ze złym przeżyciem, geny w zarodkowym sygnaturze komórek macierzystych i geny regulowane w górę w przerzutach, hepatoblastoma i podklasy proliferacji raka wątrobowokomórkowego17 zostały znacząco wzbogacone w podskrupa hematokomórkowa wysokiego-SALL4 (ryc. 3A do 3E)
[podobne: stomatolog Warszawa, stomatologia dziecięca, dentysta włocławek ]

Tags: , ,

Komantarze do artykulu sa obecnie zamkniete, popros administratora strony o ich otwarcie jesli chcesz wziasc udzial w dyskusji pod artykulem. Kontakt do administracji w zakladce kontakt.(Mozliwe jest rowniez przeslanie propozycji tematow ktore mozemy uwzglednic w nastepnych naszych artykulach, bedziemy wdzieczni za wasze cenne sugestie i postaramy sie je wykorzystac przy kolejnych wpisach.)

Powiązane tematy z artykułem: dentysta włocławek stomatolog Warszawa stomatologia dziecięca